Astaksantiin on punane pigment, mida leidub paljudes looduslikes organismides.Looduslik astaksantiinleidub peamiselt mereorganismides, mis erinevad maismaataimedes leiduvast klorofüllist ja -karoteenist. See on mikrovetikate vorm, mida tarbivad paljud erinevat tüüpi veeorganismid. Astaksantiini tugev punane pigmentatsioon põhjustab nendel loomadel punast või roosat liha või kestad.
Looduslikus Vaikses ookeanis leiduv punane lõhe on üks suurimaid lõhe kontsentratsioonelooduslik astaksantiin, välja arvatud H. Pluvialis. See pigment annab kalalihale ikoonilise sügavpunase ja uskumatult tervislikud antioksüdantsed omadused. Teised looduslikud astaksantiini allikad on homaar, arktilised krevetid, krabid, vähid, punane forell, vetikad ja hiilgevähi. Punased linnud saavad tavaliselt oma värvi kala ja rikkalikult taimi süüesastaksantiin, kuid nende pigmendi kontsentratsioon on tavaliselt madal.
Kuigi mereelustik on kõige levinum allikaslooduslik astaksantiin, see ei piirdu ainult veepõhiste taimede ja loomadega. Näiteks pärm nimega Xanthophyllomyces dendrorhous (Phaffia pärm) sisaldab samuti suhteliselt palju astaksantiini. See on astaksantiini tootja. See ei ima seda teistest orgaanilistest allikatest.
