Sünteetiline astaksantiin jalooduslik astaksantiinon sisuliselt erinevad; nende antioksüdantne võime, sisaldus ja puhtus ei ole samad. Need on struktuurilt erinevad. Seetõttu on selle tõhususes ja rollis erinevusi.
Seda toodetakse kahel viisil: kunstlik süntees ja bioloogiline omandamine. Kunstlik süntees on keemiline meetod karoteenist saamiseks; Bioloogiliselt looduslikuks muutumisel on üldiselt kolm bioloogilist allikat: veesaaduste töötlemise tööstuse jäätmed, Phaffia rhodozyma ja mikrovetikad (peamiselt Haematococcus Pluvialis).

Seda toodetakse kahel viisil: kunstlik süntees ja bioloogiline omandamine. Sünteetiline pole mitte ainult kallis, vaid ka oma struktuuri, funktsiooni, rakenduse ja ohutuse poolest oluliselt erinev loodusest.
Struktuuri osas:
Mõlemas otsas olevate hüdroksüülrühmade (-oh) optilise aktiivsuse tõttu on sellel kolm isomeeri: 3s-3's, 3r-3's, 3r-3'r (ka tuntud kui vasakule pöörav, ratseemiline, paremale pöörav) Tüüp, milles sünteetiline on segu kolmest erinevast struktuurist (25 protsenti vasakukäeline, 25 protsenti paremakäeline ja umbes 50 protsenti ratseemiline), vähese antioksüdantse aktiivsusega, pärmist saadud. on 100 protsenti paremale pöörav (3r-3'r) ja sellel on osaline antioksüdantne toime; mille kahte ülaltoodud allikat kasutatakse peamiselt mittesöödavate loomade ja materjalide värvimisel. Ainult vetikatest saadud, millel on 100 protsenti vasakule pöörav (3s-3) struktuur ja millel on kõige tugevam bioloogiline aktiivsus.
Keemiline süntees toob paratamatult sisse lisandikemikaale, nagu sünteesiprotsessi käigus tekkivad mittelooduslikud kõrvalsaadused, mis vähendab selle biosaadavuse ohutust. Looduse tõusuga on keemiliselt sünteesitud ainete juhtimine muutunud riikides üle maailma üha rangemaks. Näiteks on USA Toidu- ja Ravimiamet (FDA) keelanud keemiliselt sünteesitud toodete sisenemise toidu- ja toidulisandite (Supplements) turule ning looduslik on saanud FDA-s üldise ohutussertifikaadi (GRAS). See võib seaduslikult siseneda toidu- ja toidulisandite turule. Selle tootmine kipub üldiselt arendama bioloogilisi looduse allikaid ja tootma seda seega suures mahus.

Erinevatel astaksantiini allikatel on muud keemilised struktuurid ja erinevad antioksüdantsed omadused. Ja astaksantiini tugev antioksüdantne võime kajastub selle ainulaadse disaini kaudu. Haematococcus Pluvialisest ekstraheeritud astaksantiin on 100-protsendiliselt vasakule pöörava struktuuriga, ülitugeva antioksüdantse võimega ning selle bioloogiline efektiivsus on samuti ülivõimas. Phaffia päritolu astaksantiinil on 100 protsenti parempoolne struktuur. Selle antioksüdantide võime on teine; seda ekstraheeritakse kaladest, krevettidest, krabidest ja muudest loomadest ning see on segu kolmest vormist. Antioksüdantne jõud on teisel kohal ja viimane on kunstlik süntees. Astaksantiin on 100 protsenti ratseemiline struktuur, millel pole antioksüdantset võimet ja sellel puudub bioloogiline efektiivsus, mis astaksantiinil peaks olema, seega saab seda kasutada ainult keemilise värvainena.
Seetõttulooduslik astaksantiinon sünteetilisest astaksantiinist parem oma struktuuri, füsioloogilise funktsiooni, rakendusefekti ja ohutuse poolest.
